Encodya một trò chơi phiêu lưu đưa bạn khám phá thế giới cyberpunk đen tối của Encodya trong môi trường 2.5 thông qua việc điều khiển 2 nhân vật. Tina, một đứa trẻ mồ côi 9 tuổi sống với SAM53 – người máy to lớn vụng về của cô ấy tại một nơi trú ẩn tạm thời trên mái nhà ở Neo-Berlin.

Tina là một đứa trẻ thành thị, đã học cách sống một mình, nhặt rác từ bãi rác và kiếm sống từ những phế liệu. Một ngày nọ, cô phát hiện ra rằng cha cô đã để lại cho cô một nhiệm vụ quan trọng đó chính là hoàn thành kế hoạch giải cứu thế giới khỏi tối tăm. Và cuộc phiêu lưu kinh ngạc bắt đầu từ dạo ấy…